植物内生菌（Endophyte）是指其生活史的一定阶段或全部阶段生活于健康植物的各种组织和器官内部的真菌或细菌。它们与植物的关系为互惠共生，其代谢产物可能能刺激植物生长发育，提高寄主植物对生物胁迫和非生物胁迫的抵抗能力，使得植物内生菌成为生物防治中有潜力的微生物农药、增产菌或生防载体菌的重要来源。同时植物内生菌也是目前天然药物活性分子发现的重要来源。 

　　中国科学院昆明植物研究所科研人员以此为研究方向，对药用植物内生菌的次级代谢产物进行了系统性研究。在实验室成功构建了药用植物内生菌的分离鉴定、活性筛选、活性化合物提取以及生物合成的研究平台。从多种药用植物，如三七、重楼、龙血树和茶树等中分离了近2000株植物内生真菌和放线菌，从中发现了多个结构新颖的化合物，例如与云南大学微生物研究所赵立兴课题组合作从传统中药三七中分离得到内生真菌Penicillium manginii YIM PH30375，并从其发酵液中分离到一种新的聚酮来源的含7个环的联苯类二聚体化合物Duclauxamide A1。并通过晶体衍射和¹³C NMR DFT 计算确认了其绝对构型，纠正了duclauxins类化合物长期存在的C-9’R构型的错误。研究成果以“New Duclauxamide from Penicillium manginii YIM PH30375 and Structure Revision of the Duclauxin Family”为题发表在Organic Letters（2015, 17 , 1146）。 

　　最近通过对茶树（Camellia sinensis）中分离得到内生放线菌Streptomyces sp. KIB-H033，的代谢成分研究，分离得到了具有吡啶环、环戊酮环、环庚三烯酚酮环、呋喃环及吡喃环五环并构的新颖骨架的托酚酮类天然产物罗博卢酮A和B（rubrolone）。而其中的罗博卢酮 B具有一个稀有的苯甲酸-吡啶环内盐基团。通过ECD谱图的计算确认了该化合物轴手性。由于自然界含有托酚酮环的天然产物相对较少，而且其环形成的生物合成化学机制研究不够深入，仅有一篇关于真菌代谢托酚酮类化合物密挤青霉酸（stipitatic acid）生物合成的报道（PNAS, 2012, 109, 7042）的文献。通过¹³C-标记的醋酸盐的喂养实验初步研究了其生物合成碳原子的来源并推测罗博卢酮独特的环庚三烯酚酮环结构骨架苷元是由微生物二型聚酮合酶（type-II PKS）参与合成的，其间还经历了复杂的氧化重排过程。该发现与真菌中托酚酮类化合物密挤青霉酸（stipitatic acid）环庚三烯酚酮环的合成明显不同，代表着一个全新的环庚三烯酚酮环生物合成的化学机制。研究成果以“Tropolone Ring Construction in the Biosynthesis of Rubrolone B, a Cationic Tropolone Alkaloid from Endophytic Streptomyces”为题发表在Organic Letters（2016, 18, 1254）。论文发表后，该研究还被综述杂志Natural Product Reports （Nat. Prod. Rep., 2016, 33, 742）评选为热点研究化合物（Hot off the Press）。